治疗幽门螺杆菌大约每个疗程需要2周，有些病人可能需要间断治疗，因为此细菌容易复发。
治疗幽门螺旋杆菌，一般是选择敏感的抗生素进行消炎治疗，因为幽门螺旋杆菌比较适合于在酸性的环境中，所以一般是配合抑制胃酸分泌，降低胃酸浓度的药物联合治疗，比如常用的有奥美拉唑、雷尼替丁、枸橼酸铋钾等药物。可以使用上述药物，配合两种以上的抗生素进行治疗。
幽门螺杆菌与很多慢性胃病以及部分血液科疾病有密切关系，慢性胃病包括胃炎、胃溃疡、胃癌、胃MALT淋巴瘤，所以目前发现幽门螺杆菌感染者应建议尽快治疗。杀灭幽门螺杆菌目前的主流治疗方法为四联标准根治幽门螺旋杆菌法，
四联药物具体如下：
一、抑制胃酸的药物，主要用质子泵抑制剂，如奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑等；
二、阿莫西林；
三、克拉霉素；
四、铋剂。
通过这四种药物服用两周时间，80%以上患者的幽门螺杆菌可获根治。